与暗印人的战斗过了半年，连接卫星区和都市区的桥梁“代达洛斯桥”完成，彼此之间的界线终于消失了。全市建造了大量专为骑乘决斗而设的高速公路，并开发了“激速世界2”以取代以前的“激速世界”。然而，新的威胁已悄然来临，来自未来并持有强力怪兽·机皇帝的“伊利亚斯特尔”，企图毁灭新童实野市并改变历史。为了阻止他们，游星等人组成5D's队参加WRGP（世界骑乘决斗大赛）。WRGP以三人团体战进行决斗，讲究团队精神，登场的队伍各个都实力坚强。游星所率领的5D's队该如何一一打败其他队伍，晋级最后的总决赛，并打败伊利亚斯特尔的新世界队呢？

游星等人终于发现，原来幸运杯是葛德温为了集合龙印者，并使他们的力量觉醒所举办的。另一方面在卫星区，一群名为“暗印人”的决斗者已经蠢蠢欲动，这正与游星和杰克两人在进行决斗时所看到的蜘蛛印记有关。暗印人能够展开令决斗者受到真实伤害的“黑暗决斗”，以及使用名为“黑暗同調”的新战法召唤出独特的黑暗同調怪兽，而且可以使用特殊怪兽“地缚神”。游星以建造连接卫星区和都市区的代达洛斯桥为条件，与其他龙印者一同前往卫星区，阻止暗印人的计划。

本作以武藤游戏所在的DM时代数十年后的童实野市为舞台。这个时代的童实野市被称为“新童实野市”，是一个根据身份高低分为上层地带和下层地带的阶级社会，骑乘着摩托型决斗盘“D轮”进行的“骑乘决斗（Riding Duel）”十分流行。在新童实野市的下层地带“卫星（Satellite）”中与同伴们一起生活的不动游星，被对手——骑乘决斗的王者杰克·阿特拉斯抢走了自己最重要的卡“星尘龙（Stardust Dragon）”。为了将它夺回，游星逃出了卫星区，前往城市上层寻找杰克。然而在战斗中，意想不到的事情发生了，一条神秘的红龙突然出现在他和杰克的面前……

这是一个发生在贵族学校的故事。私立樱兰高校是日本上流社会的一个缩影。而这个学校最闻名的社团之一，就是六个英俊不凡的男子组成的男公关部。而庶民春绯虽然得以凭借奖学金以特优生的身份进入这个高校，却因为一次偶遇加入公关部工作。青春，友情，爱情，感动，点亮了樱兰高校男公关部，在一系列的爆笑事件中，不一样的感情逐渐萌芽。这的确是一部无忧无虑的青春喜剧童话。

少年味吉洋一继承了亡父遗留下来的「日之出」食堂，他虽仍是个小孩, 但是他对烹饪有浓厚的兴趣，在机缘巧合下他认识了厨师协会的统帅，人称「味皇」的村田源二郎，更被味皇选中担任味皇料理某部门的主任,因此他不得不接受各人各项的美味比赛……

故事的舞台在现代的意大利，政府机关“社会福祉公社”表面上是收容重伤残障的少女、给予医治和职业训练的福利机构，实际上却是对收容的少女进行义体改造，并投入药物洗脑，使她们成为对抗恐怖份子的尖兵。每位少女都搭配有一位辅佐官，这种组合被称为“fratello”，是意大利语中“兄妹”之意。少女们对辅佐官都具有（制约造成的）混合了爱情及亲情的绝对忠诚。与社会福址公社敌对的是被称为“五共和国派”的恐怖组织。该组织的政治诉求是响应以意大利北部为据点的“北部同盟”（Lega Nord）党首Umberto Bossi所提倡的，意大利北部8省与中部3省应该自意大利共和国分离独立的主张，并依此实行武装抗争运动（但在现实中的意大利并无此组织，真实存在的北部同盟也不支持恐怖活动）。

令全世界为之疯狂的歌姬·乌塔，她的身世成谜，歌声却被誉为“来自别的次元”。而这次，她将举办演唱会并第一次露出庐山真面目。为了欣赏她的歌声，路飞率领的草帽一伙，以及世界各地的歌迷都汇聚在会场之中。全世界备受瞩目的歌声即将在此回荡。而故事就在乌塔是“杰克斯的女儿”这一令人震惊的发现中拉开帷幕！

第3季剧情也将加入人工智慧（AI）等新时代的背景，整体故事再升级。